Er zijn twee jaar verstreken sinds de Grote Oorlog. Akito en Yurika zijn verdwenen. De Jovians en de Earthlings hebben hun krachten gebundeld en Ruri is nu kapitein van Nadesico B. Naarmate de populariteit van Boson Jumping groeit, is er een uitgebreid transportnetwerk ontwikkeld. Dit netwerk van Chulip-portals, ook wel het Hisago-plan genoemd, bevat de antwoorden op de mysteries achter Bose-deeltjes en hun kracht. Als deze geheimen in de verkeerde handen vallen, kan dat grote problemen betekenen. En er zijn grote problemen. Een splintergroep van Mars heeft een offensief gelanceerd, waardoor de Verenigde Strijdkrachten verward en wanhopig achterblijven. Zo erg zelfs dat de voormalige bemanning van de Nadesico wordt teruggeroepen naar actieve dienst voor een speciale, niet-goedgekeurde missie: om ons allemaal te redden. Heeft deze menagerie van buitenbeentjes wat nodig is? Wie wint de race om de Boson-technologie? En wat is er in vredesnaam met Akito en Yurika gebeurd?