Hana is een 19-jarige studente. Ze wordt verliefd op een weerwolf en krijgt met hem twee kinderen, Ame en Yuki. Met z'n vieren leven ze rustig ergens in een uithoek van de stad, maar als de vader plots komt te overlijden, besluit ze te vertrekken naar het platteland.

De scholier Kenji Koiso is een wiskundig genie, die parttime werkt als programmeur voor de virtuele wereld Oz op internet. Natsuki, het meisje waarop hij stiekem verliefd is, nodigt hem uit bij haar familie voor de 90ste verjaardag van haar oma. Ze vraagt Kenji vervolgens om net te doen alsof hij Natsuki's verloofde is. Ondertussen zorgt zijn poging om een wiskundige vergelijking op te lossen voor een botsing tussen Oz en de fysieke wereld.

5 Centimeters Per Second bestaat uit drie delen. In het eerste deel zien we Takaki en z'n beste vriendin Akari, die na de basisschool allebei naar een andere school gaan.

De film gaat over Asuna, een meisje dat haar eenzame dagen doorbrengt met het luisteren naar de mysterieuze muziek die uit de kristallen radio komt die ze van haar vader als aandenken kreeg. Uiteindelijk vertrekt ze op een avontuurlijke reis om een jongen te ontmoeten en op die manier zal ze zowel de wreedheid als de schoonheid van de wereld ontdekken, alsook de betekenis van verlies.

Na de dood van zijn moeder leeft de jonge Ren op straat. Opgejaagd door de politie vlucht hij een steegje in en komt terecht in de dierenwereld. Daar wordt hij de succesvolle leerling van de krijger Kumatetsu. Als hij de weg naar Tokio terugvindt, gaat hij zijn vader zoeken.

Atsuko Chiba is een psychiatrice die geavanceerde technologie hanteert om het brein van haar patiënten te doorgronden. Ze leidt een dubbelleven als Paprika, een high-tech detective die dezelfde technologie gebruikt om te achterhalen wat er in de gedachten omgaat van de mensen die ze zoekt. Wanneer de technologie echter gestolen wordt moet Paprika er snel achteraan, aangezien de hele stad in een golf van psychologische instabiliteit verkeert.

Omoide Poro poro vertelt het verhaal over de 27 jarige Taeko die haar drukke leven in Tokio overdenkt en zich een tiental dagen terugtrekt op de boerderij van haar familie. Terwijl ze reist denkt ze terug aan haar verleden als 5e klasser in 1966.

Kenichi en zijn oom onderzoeken een illegaal experiment in de megastad Metropolis. Beiden ontdekken dat het gaat om een supermens genaamd Tima die over de wereld moet heersen onder het beheer van Duke Red. Maar de 'zoon' van Duke Red is daar fel op tegen en probeert alles om het hele plan te saboteren.

Wanneer Takao, die schoenmaker in opleiding is, zijn lessen overslaat om in een siertuin schoenen te schetsen, ontmoet hij een mysterieuze vrouw, Yukino, die ouder is dan hij. Nadien komen ze elkaar steeds vaker tegen als het regent, en op een dag besluiten ze zich voor elkaar open te stellen. Maar dan komt er een einde aan het regenseizoen...

In een alternatief verloop van het verleden is Japan verdeeld in een zuidelijk en een noordelijk deel door de oorlog tussen de Union en de Verenigde Staten. De Union heeft op Hokkaido een enorme toren gebouwd, waarvan het doel een mysterie lijkt. Drie kinderen, die de zomer doorbrengen op het rustige Japanse platteland en dagdromen over de verlaten straaljager die ze in de buurt hebben gevonden, raken gefascineerd door de geheimzinnige toren die ze in de verte zien.

Nishimiya Shoko is slechthorend en wordt op school gepest door haar klasgenoten waarbij voornamelijk Ishida Shouya het op haar gemunt heeft. De pesterijen zijn zodanig erg dat Nishimiya van school moet veranderen.

Wat begint als een onschuldig motorritje voor Rose en haar vriend Hart, eindigt in een angstaanjagend en verschrikkelijk ongeluk. In kritieke toestand en met vele brandwonden wordt Rose met spoed geopereerd in de Keloid Clinic of Cosmetic Surgery. Dr. Dan Keloid, het hoofd van deze kliniek, gebruikt gedurfde en experimentele technieken om Rose te redden. Ondanks dat de operatie toch geslaagd is, blijft Rose in een diepe coma. Tijdens haar herstel reageert haar lichaam op een vreselijke manier. Rose wordt wakker uit haar coma met een ongelofelijke drang naar bloed.

De veertienjarige Arrietty en de rest van haar familie zijn zó klein dat ze onder de vloer van de huizen van normale mensen wonen.

Kaze Tachinu vertelt het verhaal over de legendarische Jiro Horikoshi, de man die Japanse gevechtsvliegtuigen ontwierp tijdens de Tweede Wereldoorlog.

In Treasure Town regeren de weeskinderen Black en White de straten door geweld en terreur. Deze jongens zijn in alle opzichten het tegenovergestelde van elkaar: Black is de belichaming van alles dat fout is aan de stad.

De zestienjarige Umi Matsuzaki woont in een landhuis genaamd 'Kokuriku Manor', dat over de haven van Yokohama uitkijkt. Haar moeder is professor op de universiteit en hierdoor wordt het bestieren van het landhuis aan Umi overgelaten. Op haar school raakt ze betrokken bij een groepje dat zich inzet voor het behoud van oude gebouwen in de stad, die door de naderende Olympische Spelen plaats moeten maken voor nieuwe gebouwen.

Twee jaar zijn gepasseerd sinds Edward Elric terecht kwam in het Duitsland van 1921. In die tijd heeft hij veel onderzoek gedaan in de hoop een methode te vinden om terug te kunnen keren naar zijn tijd, helaas zonder resultaat. Wanneer hij hoort dat de Thule Society, die banden heeft met de Nazi partij, achter de locatie van de mystieke andere wereld, "Shambala", is gekomen, krijgt hij opnieuw hoop.

Mitsuha is de dochter van de burgemeester van een klein bergdorpje. Ze is een studente die samen met haar zus bij haar grootmoeder woont. Ze is erg ongeïnteresseerd in de shinto-rituelen en heeft geen zin om haar vader te helpen met de verkiezingsstrijd.

Mima Kirigoe is een zangeres die stopt met zingen om te gaan acteren, een beslissing waar haar fans niet blij mee zijn. Geplaagd door twijfel en gekweld door vernederende compromissen, wordt zij gestalked, zelfs in haar dromen, door een alter ego die beweert "de echte Mima" te zijn.

Anna is een verlegen meisje dat vanwege haar gezondheid naar haar oom en tante in een dorp aan de kust wordt gestuurd. Ze stelt zich niet open op tegenover anderen en blijft introvert. Anna ontmoet vervolgens een vreemd meisje genaamd Marnie. Ze worden vrienden, maar geen van de dorpsbewoners weet iets van Marnies bestaan af.