Michael Clayton is een gehaaide advocaat die werkzaam is bij één van de grootste kantoren van New York. Zijn firma houdt zich bezig met de verdediging van megaconcern U/North, dat in de clinch ligt met kleine boeren die een schadeclaim tegen het bedrijf hebben ingediend. Zo goed als Clayton is in zijn werk, zo'n puinhoop is het in zijn privé-leven. Hij is gescheiden, heeft een ingewikkelde relatie met zijn zoontje, is een verwoed pokeraar en heeft problemen met zijn verslaafde broer. Wanneer zijn vriend en collega Arthur, de architect van de verdediging van U/North, paranoïde verdrag gaat vertonen en het proces van U/North begint te saboteren, heeft Clayton er nóg een probleem bij en wordt hij geconfronteerd met zijn geweten en moraal.