Alles speelt zich af in 2029. Het Ministerie van Buitenlandse Zaken heeft de ideale topagent, de 'Puppet Master' gemaakt. Deze is niet menselijk, heeft geen lichaam en kan zichzelf verplaatsen via de elektronische snelweg, het net.

Kiki is een heks die net 13 jaar oud is geworden. Zoals altijd bij heksen gaat ze op haar 13e weg van huis om zelfstandig te worden. Als ze eenmaal een stad heeft gevonden waar ze wil gaan wonen merkt ze dat het lastig is om zich daar te vestigen en haar beroep uit te oefenen.

Evelyn Salt is een CIA-agente, die ervan wordt beschuldigd een Russische spion te zijn die van plan is de president van Rusland te vermoorden. Wanneer ze op de vlucht slaat, komen al haar vaardigheden en haar verleden als geheim-agente goed van pas. Ze moet er echter voor zorgen om haar naam te zuiveren, voordat de machtigste machten ter wereld haar te pakken zullen krijgen en elk spoor van haar bestaan zullen wissen...

Ron Kovic werd geboren op 4 juli 1946, de Amerikaanse nationale feestdag. Hij groeide op in een patriottische familie. Op school blinkt hij uit in sport en op 18-jarige leeftijd neemt hij vrijwillig dienst bij het marinekorps, wetend dat hij als getrainde vechtjas meteen naar Vietnam zal gestuurd worden.

Colter Stevens wordt met een schok wakker in een trein op weg naar Chicago, en heeft geen idee waar hij is. Het laatste wat hij zich herinnert is een helikoptermissie in Irak. Nu zit hij in het lichaam van iemand anders, maar voor hij iets kan doen, vernietigt een bomexplosie het complete treinstel en alle passagiers.

Atsuko Chiba is een psychiatrice die geavanceerde technologie hanteert om het brein van haar patiënten te doorgronden. Ze leidt een dubbelleven als Paprika, een high-tech detective die dezelfde technologie gebruikt om te achterhalen wat er in de gedachten omgaat van de mensen die ze zoekt. Wanneer de technologie echter gestolen wordt moet Paprika er snel achteraan, aangezien de hele stad in een golf van psychologische instabiliteit verkeert.

Mima Kirigoe is een zangeres die stopt met zingen om te gaan acteren, een beslissing waar haar fans niet blij mee zijn. Geplaagd door twijfel en gekweld door vernederende compromissen, wordt zij gestalked, zelfs in haar dromen, door een alter ego die beweert "de echte Mima" te zijn.

Ray Tango en Gabriel Cash zijn twee succesvolle drugsagenten die elkaar niet uit kunnen staan. Misdaadbaas Yves Perret weet het voor elkaar te krijgen dat de twee voor moord opgepakt worden. Wanneer ze vervolgens in de gevangenis gegooid worden tussen vele criminelen die ze zelf achter de tralies hebben gezet zijn ze op elkaar aangewezen om hun naam te zuiveren en de slechte Perret te pakken te krijgen.

Josh maakt, bij een machine op een kermis, een wens om groter te zijn. Hij wordt de volgende ochtend wakker en de wens blijkt waarheid te zijn geworden. Hij heeft een lichaam van iemand van dertig maar van binnen is hij nog steeds 13. Nu moet hij leren te leven als een volwassene, want de kermis is weg. Hij zal dus een gewone functie in de samenleving moeten nemen totdat hij de machine heeft gevonden om de wens om te draaien.

Een combinatie van verschillende verhaallijnen en videoclips van Michael Jackson. Zo wordt Michael Jackson door een menigte achtervolgd, maar vindt hij een slimme manier om te ontsnappen en moet hij het opnemen tegen een schurk (Joe Pesci), die alle kinderen op de wereld aan de drugs wil helpen en een meisje ontvoert. Maar is de schurk opgewassen tegen Michael Jackson's speciale, magische krachten?

Op de avond dat Jezus Christus geboren wordt, wordt in het stalletje ernaast ook Brian geboren. Op volwassen leeftijd sluit Brian zich aan bij het Volksfront van Judea: een organisatie die zich tegen de Romeinen verzet.

Een kwade bosgod infecteert een prins met een dodelijke ziekte. Hij zal sterven als hij geen geneesmiddel zal vinden, maar het lijkt er op dat hij in het Oosten van het rijk hulp kan vinden.

Nu Jigsaw en zijn kompaan Amanda dood zijn, lijkt het spel afgelopen. Maar als een nieuw videobandje van Jigsaw opduikt, blijkt het spel nog lang niet aan zijn eind te zijn. Twee FBI-profilers proberen de hele puzzel op te lossen en speuren door Jigsaws overgebleven spullen. Maar als een SWAT-lid ontvoerd wordt en onderdeel van het spel blijkt krijgt hij negentig minuten om, behalve zijn eigen leven, het leven van een oude vriend te redden.

Wanneer er een tankwagen midden in een stad wordt opgeblazen, komt er een dodelijk virus vrij. De Bebop-crew gaat onmiddellijk achter de dader aan als ze horen dat er een grote beloning wordt uitgeloofd. De zaak wordt almaar vreemder als blijkt dat de koelbloedige Vincent Volaju - waarvan aangenomen werd dat hij al tientallen jaren dood was - de hoofdverdachte van de aanslag is...

Chiyoko Fujiwara, ooit de grootste actrice van Japan, leidt een rustig, teruggetrokken leventje, ver weg van alle publiciteit. Toch stemt ze in met een interview met filmproducent Genya Tachibana. Wanneer ze hem vertelt over haar leven, beginnen feit en fictie met elkaar verstrengeld te raken.

Slavenhandelaar Mendoza besluit zijn leven te beteren en sluit zich aan in de missie van de Spaanse Jezuïet Gabriel. Dan wordt de kolonie verkocht aan de Portugezen die de hele bevolking als slaven beschouwen.

Batou is een levende cyborg wiens lichaam volledig door mensen werd gemaakt. Het enige 'menselijke' aan hem is zijn brein, waarin de herinneringen sluimeren van een vorig leven.

Seita en Setsuko zijn broer en zus tijdens de Tweede Wereldoorlog in Japan. Nadat hun vader is gestorven tijdens een overzees gevecht en hun moeder is gedood door een luchtaanval, moeten ze naar andere familieleden toe om gesteund te worden. Als die steun op een gegeven moment ook bij hen weggenomen wordt zijn ze alleen nog afhankelijk van elkaar om te zorgen voor onderdak en eten.

Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog zaaien bendes dood en verderf in het Wilde Westen. Het rustige leventje van Josey Wales, een landbouwer uit Missouri, wordt plots totaal verwoest, wanneer een bende guerrilla's zijn echtgenote en zoontje vermoorden.

In de toekomstige wereld, na een bijna totale uitroeiing van het leven op aarde, gaat de mensheid met behulp van gigantische robots (Eva's) het gevecht aan tegen aanvallen van de gevaarlijke Angels.