5 Centimeters Per Second bestaat uit drie delen. In het eerste deel zien we Takaki en z'n beste vriendin Akari, die na de basisschool allebei naar een andere school gaan.

De film gaat over Asuna, een meisje dat haar eenzame dagen doorbrengt met het luisteren naar de mysterieuze muziek die uit de kristallen radio komt die ze van haar vader als aandenken kreeg. Uiteindelijk vertrekt ze op een avontuurlijke reis om een jongen te ontmoeten en op die manier zal ze zowel de wreedheid als de schoonheid van de wereld ontdekken, alsook de betekenis van verlies.

Nishimiya Shoko is slechthorend en wordt op school gepest door haar klasgenoten waarbij voornamelijk Ishida Shouya het op haar gemunt heeft. De pesterijen zijn zodanig erg dat Nishimiya van school moet veranderen.

Als de 17 jaar oude Makoto Konno de gave heeft om, vrij letterlijk, terug in de tijd te "lopen", begint ze meteen op school cijfers te verbeteren en persoonlijke misstappen recht te zetten. Ze komt er echter snel achter dat het verleden veranderen niet zo makkelijk is als het lijkt.

Hana is een 19-jarige studente. Ze wordt verliefd op een weerwolf en krijgt met hem twee kinderen, Ame en Yuki. Met z'n vieren leven ze rustig ergens in een uithoek van de stad, maar als de vader plots komt te overlijden, besluit ze te vertrekken naar het platteland.

De scholier Hodaka Morishima verlaat zijn huis op een afgelegen eiland en verhuist naar Tokio. Hij heeft geen geld en geen sociale contacten. Hodaka vindt uiteindelijk een baan als schrijver voor een occult tijdschrift. In een hoek van de drukke stad ontmoet hij een jong meisje, genaamd Hina Amano. Zij blijkt geheime bovennatuurlijke krachten te hebben.

In een alternatief verloop van het verleden is Japan verdeeld in een zuidelijk en een noordelijk deel door de oorlog tussen de Union en de Verenigde Staten. De Union heeft op Hokkaido een enorme toren gebouwd, waarvan het doel een mysterie lijkt. Drie kinderen, die de zomer doorbrengen op het rustige Japanse platteland en dagdromen over de verlaten straaljager die ze in de buurt hebben gevonden, raken gefascineerd door de geheimzinnige toren die ze in de verte zien.

Een kat haalt herinneringen op over zijn leven met en gevoelens voor zijn eigenaar, een alleenstaande vrouw.

Anna is een verlegen meisje dat vanwege haar gezondheid naar haar oom en tante in een dorp aan de kust wordt gestuurd. Ze stelt zich niet open op tegenover anderen en blijft introvert. Anna ontmoet vervolgens een vreemd meisje genaamd Marnie. Ze worden vrienden, maar geen van de dorpsbewoners weet iets van Marnies bestaan af.

De zestienjarige Umi Matsuzaki woont in een landhuis genaamd 'Kokuriku Manor', dat over de haven van Yokohama uitkijkt. Haar moeder is professor op de universiteit en hierdoor wordt het bestieren van het landhuis aan Umi overgelaten. Op haar school raakt ze betrokken bij een groepje dat zich inzet voor het behoud van oude gebouwen in de stad, die door de naderende Olympische Spelen plaats moeten maken voor nieuwe gebouwen.

De film is een omnibus van drie verschillende verhalen over een jeugd gesitueerd in drie steden van China. De vertellingen verkennen de eenvoudige geneugten van het leven door middel van sensuele herinneringen.

Mitsuha is de dochter van de burgemeester van een klein bergdorpje. Ze is een studente die samen met haar zus bij haar grootmoeder woont. Ze is erg ongeïnteresseerd in de shinto-rituelen en heeft geen zin om haar vader te helpen met de verkiezingsstrijd.

Aya Okamura werkt al twee jaar en is op alleen gaan wonen vanwege een baan. Nu haar moeder als arts in het buitenland werkt, woont haar vader nu alleen met Mii-san, de oude huiskat van het gezin. Op een avond komt Aya terug van een lange werkdag, en terwijl ze op haar bed ligt, haalt ze herinneringen op aan de tijden die het gezin samen had. Ze herinnert zich het verdriet dat ze voelde toen haar moeder naar het buitenland ging, en de troost die ze voelde toen haar vader Mii-san mee naar huis nam om haar te troosten. Dan krijgt ze een telefoontje.

Nadat bij zijn klasgenoot en geliefde een pancreasziekte is vastgesteld, wil een gemiddelde middelbare scholier het beste uit haar laatste dagen halen.

Het tweede deel van een tweedelige film. Het verhaal vind plaats, één jaar na de TV series.

De vierjarige Kun-chan kan maar moeilijk omgaan met de komst van zijn zusje Mirai in het gezin. In de achtertuin van zijn ouderlijk huis vindt hij een toegangsdeur die hem toelaat terug in de tijd te reizen en zijn moeder als een klein meisje tegen te komen.

Rintarō Okabe onderneemt een moeizame tocht door meerdere 'Wereldlijnen' als gevolg van de uitvinding 'D-Mail' waarmee SMS-berichten naar het verleden mogelijk zijn. Hij belandt in de "Steins Gate" Wereldlijn waar geen van zijn vrienden hoeven te sterven en de toekomst niet wordt geregeerd door anderen.

De scholier Kenji Koiso is een wiskundig genie, die parttime werkt als programmeur voor de virtuele wereld Oz op internet. Natsuki, het meisje waarop hij stiekem verliefd is, nodigt hem uit bij haar familie voor de 90ste verjaardag van haar oma. Ze vraagt Kenji vervolgens om net te doen alsof hij Natsuki's verloofde is. Ondertussen zorgt zijn poging om een wiskundige vergelijking op te lossen voor een botsing tussen Oz en de fysieke wereld.

Puss in Boots, één van de meest geliefde personages uit het Shrek-universum, gaat over de hilarische en moedige avonturen van Puss wanneer hij samen met het meesterbrein Humpty Dumpty en de straatkat Kitty op zoek gaat naar de befaamde Gans met de Gouden Eieren.

Het is gewoon weer een avond woon-werkverkeer totdat de regen begint te vallen en de stad tot leven komt door het geluid van druipende regenpijpen, fluitende luifels en gorgelende dakgoten.