Er wordt voorspeld dat een gigantische zonnevlam de aarde zal verbranden. Een groep van astronauten moet naar de zon reizen om daar op het juist moment een speciale bom te droppen die de zonnevlam van richting moet laten veranderen.

Toshiaki Nagashima is een bioloog die groot onderzoek doet naar mitochondriën. Wanneer zijn mooie jonge vrouw op tragische wijze betrokken raakt bij een auto-ongeluk waarbij haar hersendood achterblijft, steelt hij in wanhoop haar lever uit haar lichaam om de mitochondriën eruit te halen om zijn vrouw uit de dood te laten herrijzen. De dodelijke mitochondriën nemen de vorm aan van zijn assistent.

In 2010 was een muzikant, Watanabe Toshimi, van plan terug te gaan naar zijn geboorteplaats in Fukushima om daar landbouw te gaan bedrijven. Zijn zoon Toui zou het toelatingsexamen voor de middelbare school opnieuw doen, waarvoor hij vorig jaar niet was geslaagd. Beiden keken er naar uit om nieuwe hoofdstukken in hun leven te beginnen. In 2011 moest Toshimi zijn plan annuleren vanwege de Grote Aardbeving in Oost-Japan. Zijn geboorteplaats lag op minder dan 20 km van de kerncentrale van Fukushima nr. 1. Om zijn vader op te vrolijken, beloofde Toui, die geslaagd was voor het toelatingsexamen voor de middelbare school, hem elke dag naar school te gaan. Toshimi beloofde Toui om elke dag bento voor hem te maken.

Edogawa Rampo is een schrijver wiens nieuwste werk door de overheid wordt gecensureerd, omdat het te verontrustend en schadelijk voor het publiek wordt geacht om gepubliceerd te worden. Nadat hij zijn concepten heeft verbrand, laat zijn uitgever hem echter een krant zien met een verslag van de gebeurtenissen, net als zijn verboden verhaal. Naarmate de film vordert, vermengen fantasie en realiteit zich in een verhaal dat sterk leunt op invloeden uit Dracula van Poe en Stoker. De sterk expressionistische richting van de film combineert op vakkundige wijze een verscheidenheid aan media (animatie, computer gegenereerde beelden, korrelig zwart-wit snel film materiaal, kleuren negatieven) voor een artistiek effect.

Het jaar is 1982 en de plaats is Shōnan in de prefectuur Kanagawa, Japan. Een groep gepassioneerde jongeren exploiteert een strandradiostation voor de lokale gemeenschap.

Masato is een jonge chef-kok in de stad Takasaki in Japan. Na de plotselinge dood van zijn emotioneel verre vader, heeft hij kans om een koffer te krijgen met souvenirs en een rood notitieboekje - vol met mijmeringen en oude foto's - achtergelaten door zijn Singaporese moeder die stierf toen hij nog maar tien jaar oud was. Hij vertrekt naar Singapore met het notitieboekje, in de hoop het verhaal van zijn leven, maar ook dat van zijn ouders, te kunnen samenvatten. Daar ontmoet hij Miki, een Japanse alleenstaande moeder die hem helpt zijn oom van moeders kant op te sporen.