Tsukasa en Natsumi komen weer aan in een nieuwe Rider-dimensie, wanneer deze zich realiseert dat Tsukasa's foto's niet wazig zijn zoals in de vorige dimensies, wat betekent dat dit Tsukasa's thuisdimensie is. Eindelijk zal hij onthullen wie hij werkelijk is

De kwaadaardige organisatie Shocker verandert de geschiedenis door in 1973 hun nieuwste creatie, Kamen Rider 3, te sturen om Kamen Riders 1 en 2 te verslaan. In het alternatieve heden is Shocker machtiger dan ooit, en de meeste Kamen Riders zitten nu gevangen of zitten in de gevangenis. gehersenspoeld om voor hen te werken. Een van die gehersenspoelde Riders is Shinnosuke Tomari die zich dankzij zijn partner Kiriko Shijima de waarheid herinnert en de krachten bundelt met de overgebleven Kamen Riders die nog steeds op vrije voeten zijn om stelling te nemen tegen Shocker en de geschiedenis weer op de goede weg te zetten.

Oorspronkelijk simpelweg bekend als Kamen Rider Black tijdens de theatrale release. Kinderen in heel Tokio verdwijnen op mysterieuze wijze zonder waarschuwing. Kotaro vermoedt dat de Gorgom achter de ontvoeringen zitten en volgt een verdacht uitziende tourbus met kinderen erop, maar verliest zijn spoor van een klif. Met de hulp van een visser reist Kotaro naar een afgelegen eiland en gebruikt hij zijn vaardigheden als Kamen Rider Black om de kinderen te redden en Gorgoms nieuwste kwaadaardige plan te dwarsbomen.

De stad Yūbari in de prefectuur Hokkaido is een spookstad geworden na de aanwezigheid van Shadow Moon en zijn volgelingen van Gorgom. Makino, een wetenschapper die aan Gorgoms uiterst geheime robotexperiment werkt, ontsnapt uit de kwaadaardige organisatie en keert terug naar Tokio, maar ontdekt dat zijn vrouw en dochter zijn ontvoerd. Als Kamen Rider Black reist Kotaro naar Yubari om Makino's familie te redden en de stad te bevrijden uit de kwade greep van Shadow Moon.